ドイツでフェアトレード･ラベル運動（ネットワーク名称：トランスフェア）の導入準備が進められていた頃、当時の代表マルティン・クンツ氏を訪問した松木傑牧師（日本福音ルーテル聖パウロ教会）によって、日本にフェアトレード・ラベル運動の考え方が導入されました。その後間もなくして、3つの団体が設立メンバーとなり、1993年11月「トランスフェアジャパン」が発足しました。

1997年、当時各国に展開されていた日本を含む14のラベル推進組織によって、アンブレラ組織「国際フェアトレードラベル機構 - Fairtrade International」が設立。2002年には、世界統一の国際フェアトレード認証ラベルが完成し、各国で順次、新ラベルへ切り替えられてきました。
日本では、新ラベルの導入と組織のNPO法人化にともない、2004年2月、団体名を現在の「フェアトレード・ラベル・ジャパン」に変更しました。